علاوه بر رنگآمیزی پروتئینها در سیتوپلاسم، میتوان از آن برای لکهگیری کلاژن و فیبرهای عضلانی برای معاینه در زیر میکروسکوپ استفاده کرد. سازههایی که به راحتی با ائوزین لکهدار میشوند، ائوزینوفیل نامیده میشوند. در واقع دو ترکیب بسیار نزدیک وجود دارد که معمولاً به عنوان Eosin شناخته میشوند.در زمینه بافتشناسی، ائوزیـن Y (یک مشتق تتابرومو از فلورسئین است) شکلی از ائوزیـن است که بیشتر به عنوان لکه بافتشناسی مورد استفاده قرار میگیرد.
از ائوزین به عنوان ضد لک استفاده میشود که باعث رنگ آمیزی گل رز سیتوپلاسم میشود. شدت ائوزین انتخاب فردی است. بیشترین کاربرد ائوزین “ائوزین Y” است. “Y” مخفف yellowish است. این ماده به دو صورت محلول در آب یا محلول در الکل موجود است. اکثر آزمایشگاهها از فرم محلول در آب ائوزین Y در محلول آب – الکل استفاده میکنند.
از این ماده نیز به عنوان یک رنگ قرمز در جوهرها استفاده میشود. با گذشت زمان ائوزیـن تمایل به تخریب دارد و اتمهای برم خود را از دست میدهد، از این رو باعث میشود که رنگ با ترکیب چنین رنگی، به یک رنگ قهوهای تیرهتر برسد.
رنگهای H&E دارای توانایی شگفت انگیزی برای لکه گیری هر سلول و ساختار در بافت و تمایز هر یک از اجزا هستند. پوست پستانداران با این خصوصیات متمایز از سایر نمونههای بافت لکه دار (مانند بافت رودهای یا عصبی) برجسته است:
هماتوکسیلین هستههای سلولی را آبی رنگ میکند، در حالی که ائوزین سلولهای غیر هستهای را رنگ میکند و ساختار آنها را صورتی / نارنجی مانند سیتوپلاسم و کلاژن میکند.